無線番号

• ロイ・キャンベル、ナオミ・ハンター：140.85
• メリル・シルバーバーグ：140.15
• ハル・エメリッヒ（オタコン）：141.12
• ナスターシャ・ロマネンコ：141.52
• マスター・ミラー：141.80
• メイ・リン：140.96

エンディング分岐

拷問に耐えるとメリル（クリア特典弾無限バンダナ）、拷問で服従するとオタコンエンド（クリア特典ステルス）。

前作までのあらすじ（説明書より）

OUTER HEAVEN蜂起

1995年、南アフリカ奥地に突如出現した武装要塞国家OUTER HEAVEN。 そこで核搭載型二足歩行戦車メタルギアが開発されていることを掴んだ西側はFOX HOUNDに潜入工作を要請した。 先に潜入したグレイ・フォックスは敵の捕虜となるも、新入隊員のソリッド・スネークが彼を開放、開発途中のメタルギアを破壊して、OUTER HEAVENを陥落させた。 だが脱出を図るスネークの前に一人の男が立ち塞がった。 FOX HOUND 総司令官ビッグボス。 OUTER HEAVENの実態は大規模な傭兵派遣会社であり、ビッグボスこそがその指揮官だったのだ。 西側に対する情報錯乱を目論んで送り込んだスネークによって逆に野望を打ち砕かれたビッグボスが叫ぶ。 「お前はやりすぎた、やりすぎたのだ！」 激闘の末ビッグボスを倒したスネークは、独り燃え上がるOUTER HEAVENを後にした。
-メタルギアより-

ザンジバーランド騒乱

1999年、石油を精製する微生物OILIXを開発したキオ・マルフ博士が拉致された。 中央アジアの少数民族自治区に興った独立武装勢力ザンジバーランドがOILLIXを手に入れることで、エネルギー危機にあえぐ世界に対し軍事的政治的優位を確立せんと謀ったのだ。 当時のFOX HOUND司令官ロイ・キャンベルは退役していたソリッド・スネークを呼び戻し、ザンジバーランドへの潜入、キオ・マルフ博士の奪還を依頼した。 鉄壁の防御をかいくぐり、ザンジバーランド奥深く潜入を果たしたスネークは、OUTER HEAVENから移管されこの地で完成していたメタルギアを破壊、傭兵部隊を束ねるかつてのFOX HOUND隊員グレイ・フォックスとの死闘を制して、OILIXの精製法を奪還することに成功した。 そしてスネークはザンジバーランドを影で率いていた男と対峙する。 ビッグボス。 OUTER HEAVENを生き延びた彼は、自分達戦士が唯一生の充足を得られる状況＝戦争を世界に惹起し続けるために武装要塞国家ザンジバーランドを築いたのだ。 二度目の、そして最後の戦いに勝利したスネークは戦場を去りアラスカの雪原に消えた。
-メタルギア2 ソリッドスネークより-

用語集（説明書より）

FOX HOUND

1990年代に局地的反乱、地域紛争、テロ活動に対処すべく編成された特殊部隊。
政治色が濃く、軍事介入ができない場合等に、極秘裏に任務を遂行する影の部隊。 部隊員は全員が各種空挺・ダイビング・サバイバル技能をマスターし、あらゆる侵入経路の隠密潜入が可能である。
初代総司令官は「伝説の兵士」ビッグボス。 彼は湾岸戦争で実証されたハイテク兵器の効力と重要性、また従来の地上戦における兵士によるゲリラ戦の重要性の両者を検討、ハイテク兵器を導入しながらも兵士自身の強さを失わない生身の部隊の編成を目指した。 「OUTER HEAVEN蜂起」後、副指令であったキャンベルが総司令官となり、暗号制を廃止。人工衛星等それまで以上にハイテク機器を駆使する新制キャンベルFOX HOUND部隊を築き上げる。

次世代特殊部隊

遺伝子マップ検査を受けて選出された次期FOX HOUND部隊予備員。
実力対テロ特殊部隊を前身とし、ビッグボスの死後、会社ごと政府に売却された「OUTER HEAVEN」の傭兵たちが編入、次世代特殊部隊として再編成された。 実戦経験のない兵士がほとんどだが、遺伝子治療が施され、仮想現実部隊(FORCE21)と共にあらゆる歴史上の作戦、これから起こり得る未来の作戦の仮想シミュレーション訓練をこなしているため、その実力を侮ることはできない。SPEACE-SEALSとも呼ばれる。

メタルギア

核搭載可能歩行戦車。その主目的は様々な状況に応じて、あらゆるポイントから世界中に向けて各種の核弾頭を発射することにある。
単なる核発射モジュールではなく、独自の移動力を持ち、自らの核発射を支援できる武器を装備。これまで世界の核戦略マップから漏れていた全ての地域での活動が可能となるため、核抑守バランスを崩壊させる兵器として全世界に大きな影響と脅威を与えた。

OUTER HEAVEN

80年代後半、南アフリカ奥地、に築かれた武装要塞国家。
その実態はビッグボス率いる大規模な傭兵派遣会社であった。 核搭載重歩行戦車TX-55メタルギアの開発により軍事的優位を築こうとするも、FOX HOUNDが送り込んだソリッド・スネークによって計画を阻止され、ビッグボスの敗北と共に崩壊する。

ザンジバーランド

中央アジアの少数民族自治区に興った武装要塞国家。
1997年の独立戦争において、東西大国の介入にも関わらず勝利を収めることができたのは、ザンジバーランドに集った世界各国の傭兵達の活躍によるところが大きいと言われている。 そのため、この戦争は「傭兵戦争」とも言われ、戦争を職業とするプロ達の存在を改めて全世界にしらしめた。

ビッグボス

60年代より各国を転戦し、生きながら「伝説の兵士」として神話的存在となっていた稀代の傭兵。
90年代、FOX HOUNDの総司令官として任命された裏で、OUTER HEAVENを築くが、ソリッド・スネークによって阻止される。 その後ザンジバーランドを築くもソリッド・スネークにより再び野望を阻まれた。 彼の遺体は「最強の戦士」の塩基配列を記すサンプルとして、政府によって保管されている。

グレイ・フォックス

本名：フランク・イエーガー。 FOX HOUND部隊最高の名誉、[FOX]のコードネームを持つ男。
[OUTER HEAVEN蜂起]の際、先駆けてOUTER HEAVENに潜入。 TX-55メタルギアの情報入手後に捕虜となるも、ソリッド・スネークによって救出される。 ビッグボスの除隊後、後を追うように消息を絶つ。 その後、ザンジバーランドでビッグボスと共に各国へ宣戦布告、FOX HOUNDと敵対する立場となり、指令を受けたソリッド・スネークによって倒された。

DARPA

国防省付属機関先進研究局（Defense Advanced Research Projects Agency:防衛高等研究庁）
軍事利用を前提とした様々な技術を研究開発する機関。

アームズ・テック社（AT社）

シアトルに本社を持つ軍事兵器開発会社。
軍需産業最盛期であった冷戦時代に急成長、業界2位にまでのし上がる。 SDI計画に荷担し、レールガン等の開発に取り組んでいたが、計画の中止に伴い大きな損害を出してしまう。 また、ステルス技術に関して業界随一の技術力を持っているにも関わらず、コスト面での折り合いがつかずに次期主力戦闘機での闘争入札からはずされる等、最近の業績は停滞気味である。

ATGC社

バイオビジネスの大手企業。
ATGCとは塩基配列のアデニン、チミン、グアニン、シトシンの頭文字を並べたもの。 次世代特殊部隊への遺伝子治療は国防省とATGC社の共同プロジェクトである。

ナノマシン

MEMS（Micro Electro Mechanical System）技術による微小機械。
超小型発信機や医療用DDSに用いられる。 大きさはマイクロメートルスケールだが、単電子トランジスタやシナジーセラミクス等、ナノスケールの技術を利用しているため、一般的にナノマシンと呼称されている。 スネークは、通信機やレーダー、対NBC兵器防護システムなど様々なナノマシンを体に注入して今回の作戦に臨んでいる。

遺伝子治療（ジーンセラピー）

人の遺伝子マップ（ゲノム情報）を解析し、有用な遺伝子のコピーを対象の細胞に導入する。
この技術を用いて、優秀な兵士の遺伝子を付与、戦闘力の高いゲノム兵士を作り出したのが次世代特殊部隊である。

ステルス迷彩

アームズ・テック社がかねてより研究を重ねていた、ステルス技術の粋を集めた新型迷彩。
リアルタイムで工学的屈曲処理を行うことにより対象物を周囲の風景に同化させ、視認性を極限まで低めることを可能とした。

強化骨格

人の戦闘能力を極限にまで高める内装式強化装備。
人体組織に骨格レベルからサイバネティック・モジュールを組み込むことにより、驚異的な戦闘能力を生み出すことを可能とした。 既存サイバネティック技術では解決することのできなかった応力集中や拒絶反応も、遺伝子治療を施すことにより克服している。

PAL

パーミッシブ・アクション・リンク。 全ての核ミサイルに組み込まれている安全制御システム。
PALを用いることなく核ミサイルの発射/解除を行うことはできない。

START

戦略兵器削減条約。
これまでにSTARTⅠ・Ⅱが批准、米ロ双方の戦略核弾頭を3000-3500個までに削減、大型ICBM、MIRV (多目標弾頭) 装備のICBMの全廃が規定されている。 近々、STARTⅢが調印される予定。

TMD

戦域ミサイル防衛。
SDIを中止した米国が、大量破壊兵器やミサイルの拡散に対抗する手段として、開発を進めてきた防衛技術。 SDIが主に飛距離の長い戦略核ミサイルを標的にしていたのに対して、TMDは飛距離の短い戦域ミサイルを迎撃するのが目的となっている。

CTBT

包括的核実験禁止条約。
ジュネーブの国連・軍縮委員会で交渉が進められている条約。 地下核実験をも含む全ての核実験全面禁止を目指している。

NPT

核不拡散条約。 米国、ロシア、英国、フランス、中国の核保有5ヵ国以上に核兵器が拡散するのを防ぐことを目的とした条約。